阿戈尔，这个孕育于大洋深处的文明，在早期有着远超泰拉同期水平的科技，他们的实力甚至有染指星空的野心。
也正是如此，阿戈尔人落入了一个新的求知陷阱:我们的文明已经如此发达，那么比我们更发达的前文明，是如何灭亡的呢？
于是阿戈尔人开始探索深海，试图寻找前文明覆灭的真相，以便警示后人。但是从来没有人想过，探索未知，本身就是一件极其危险的事情。
一位名为玛丽图斯的阿戈尔科研员率领他的队伍踏入了深海，此行的目的就是为了揭露前文明覆灭的真相，他终于找到了前文明遗留在深海的遗迹。
在他的队员折损殆尽之后，他终于一个人跌跌撞撞来到了一个巨大神秘的仪器面前，这个仪器面前躺着一只半眠的巨兽。
这只巨兽向他分享了前文明灭亡的真实影像和深蓝计划的目的。
这个阿戈尔科研员终于得到了他梦寐以求的前文明覆灭真相，但是此刻的他犹豫了，如果敌人如此强大，能够毁灭前文明，那么一旦敌人卷土重来，阿戈尔和泰拉，又应该如何面对这个强敌？
最终他吃下了海嗣的血肉，成为了第一个主动转化的人形海嗣。他就是玩家在这一次深海三期（生路）剧情的最终boss，只不过当时的他还没有意识到深蓝的威力远超他的想象。
他不仅曾经回到了阿戈尔，还开始散播海嗣的思想，包括信仰海嗣的宗教、阿戈尔人对海嗣之神的捕猎、海嗣为什么对阿戈尔的武器克制得如此之快，进化速读，还有海嗣开始极具侵略性，从感染者自动选择演变逐渐变成强迫感染者变成海嗣……通通都有他幕后的影子。
他也基本得到了海嗣们的几乎全部意识，包括凯尔希的来历，博士的身份。
之后，海嗣的繁殖开始和阿戈尔人出现冲突，只不过和人类毁灭野生动物不同，阿戈尔人低估了海嗣的进化速读和威力，海嗣开始成为大洋的灾难，阿戈尔人开始以敌制敌，他们开始培育自己的怪物—深海猎人。
乌尔比安，阿戈尔第一位深海猎人，深海猎人计划的缔造者，是他一手创造了深海猎人，通过对海嗣和阿戈尔人的基因剖析，把海嗣的强化能力应用在阿戈尔人身体里，从而获得非凡的力量体能和速度。他同时也是斯卡蒂的队长，深海猎人第一小队的队长。
阿戈尔人有了抵抗海嗣的力量后，并没有吸取教训。
他们开始亵渎神明，有如玛丽图斯探寻前文明的真相一样，阿戈尔人组织几乎全部的深海猎人去猎杀海嗣的神，伊莎玛拉。没错，就是现在存活在斯卡蒂体内那位，海嗣最高领导者，四位海嗣之神的领袖。这也让阿戈尔失去了全部的深海猎人。
根据幸存深海猎人的对话和回忆，在捕猎行动中，乌尔比安发现了更加骇人的真相—关于玛丽图斯。
乌尔比安在伊莎玛拉体内发现了阿戈尔人的常用物品，这个发现颠覆了他的认知，在一瞬间他就意识到阿戈尔的历史可能已经被欺瞒或者是篡改，而信仰海嗣的宗教的手，已经不知道渗透得有多深。
于是他不敢再回到阿戈尔，因为他无法再相信阿戈尔。
同时，深海猎人除了歌蕾蒂娅、斯卡蒂、幽灵鲨，折损殆尽，加上乌尔比安，他们四个就是阿戈尔甚至泰拉目前存在的仅剩4位深海猎人。
伊莎玛拉死后，海嗣并没有如阿戈尔的计划那样消停，反而开始发动更剧烈的攻击，甚至开始侵略陆地—冥痕，海嗣用来侵蚀陆地的武器。
阿戈尔开始衰落，逐渐疲于奔命，与此同时，斯卡蒂和幽灵鲨转投到沿海国家伊比利亚，同时登录的阿戈尔人给伊比利亚带来了阿戈尔的科技。
后来，海嗣的宗教设法抓到了幽灵鲨，并在她身体里灌注高纯度的源石液。
斯卡蒂遇到罗德岛，在罗德岛打工，同时赚钱给幽灵鲨治疗矿石感染。
乌尔比安在深海继续潜伏，歌蕾蒂娅因为幽灵鲨的感染开始调查海嗣宗教的秘密。
与此同时阿戈尔没有停止深海猎人的制造计划，但是深海猎人的缔造者不在，乌尔比安的失联让阿戈尔人无法复刻深海猎人的生产线，陷入了失败。而用科技武器对付海嗣，海嗣的进化速度之快，总有一天会超过阿戈尔武器研发的速度，也就是说，阿戈尔的衰落和海嗣的侵略，将不可能避免。
歌蕾蒂娅意识到自己需要幽灵鲨和斯卡蒂的帮忙，于是歌蕾蒂娅掳走了幽灵鲨（当然也有可能幽灵鲨是愿意帮忙的，毕竟是自己的队长）
斯卡蒂一路追踪，这就是深海一期《覆巢之下》的故事，揭开了海嗣宗教和幽灵鲨身上的部分秘密。
紧接着，为了彻底根绝后患，她们三人一路追寻到愚人号，这艘原本应该沉没的船上，已经成为了海嗣巢穴的船。在这里她们得知了更多的真相，以及乌尔比安也出现。这就是《愚人号》，深海二期的故事。
而他的出现不是归队，而是前来警告歌蕾蒂娅，海嗣不是歌蕾蒂娅想象的那么简单，阿戈尔内部也有问题，但是乌尔比安的谜语歌蕾蒂娅不是很明白（玩家也不是很明白），所以三人还是回到了阿戈尔，而这一次，博士和凯尔希也跟着抵达。
凯尔希对博士刺杀特雷西娅，试图执行前文明计划的事情心有余悸，于是她反复试探博士有没有记得深蓝计划的内容，她很怕博士又投敌（我是这么解读的，毕竟你要是被博士背刺过，估计你也无比警惕）。
抵达阿戈尔之后，歌蕾蒂娅一行人并没有迎来阿戈尔的欢迎，反而上了法庭，与此同时，海嗣的宗教已经把阿戈尔的政治经济文化渗透得千疮百孔。无论是科研员还是城市建设者都有他们的身影。
在对海嗣的作战中，阿戈尔人以为的兵器，变成了海嗣的养料，乌尔比安的出现让博士有点惊讶，两人进行了非常诡异的对话。
随后深海猎人们开始处理海嗣的入侵，并且清理海嗣宗教渗透进来的内鬼。
而这一次海嗣还和以前不同，玛丽图斯亲自抵达，直面凯尔希和博士，平静地讲述了他的经历和所作所为。
他根本没有意识到，在他吃下海嗣血肉的时候，他的思想就已经不再是人了，彻底变成深蓝计划的催化剂和执行人。
乌尔比安潜入城市后也毫不犹豫地出手猎杀海嗣，直到他遇到了歌蕾蒂娅，他把他之所以不回到阿戈尔和目睹海嗣的种种真相告诉了歌蕾蒂娅，希望歌蕾蒂娅相信他，并且为了阿戈尔，他愿意更深一步海嗣化，以得到真相。
而歌蕾蒂娅更在乎乌尔比安，她希望乌尔比安不要再潜伏，回到深海猎人的队伍中来，把乌尔比安知道的事情公诸于众。
而乌尔比安深知海嗣远超阿戈尔的预料和估计，如无法知彼，也就无从获胜了，他愿意为此支付一切代价，包括海嗣化。
于是歌蕾蒂娅和乌尔比安就打了起来，当然歌蕾蒂娅也不是真的要和乌尔比安分个生死就了。
而玛丽图斯和凯尔希博士对话的时候，斯卡蒂杀了过来。玛丽图斯试图唤醒斯卡蒂身上寄生的伊莎玛拉的意志。
“她是我可爱的干员！”
博士发出了他作为罗德岛领袖之一的斥责。（感觉比以前爷们多了。）
不是你的伊莎玛拉。
一番恶战之后，阿戈尔只是减少了损失，并没有获得多少胜利。
乌尔比安主动承担了殿后人的角色，和海嗣入侵的阿戈尔城市一起沉入了深海。这也是为了接触了玛丽图斯，希望探寻更深的真相，有如当年的玛丽图斯。
但是和玛丽图斯不同，乌尔比安的意志之坚定，足以抵御海嗣细胞的侵蚀，结果犹未可知。
在整个故事里，我们看到了科技被阿戈尔人滥用、文明实力的膨胀，导致对神明、未知和生命的亵渎。而亵渎者阿戈尔，已经付出了无可挽回的代价，海嗣的进化愈发不可预测和变态，对大陆的大举进攻已经迫在眉睫，阿戈尔对泰拉诸国发起了通讯，仍没有放下他们的傲慢。而我们能祈祷的是，泰拉其他国家，不会重蹈覆辙。