金币是游戏中的主要资源，在前期金币主要的作用是用来补兵。到了中后期金币主要是用来在研究所中升级各项科技，并且当玩家的雷达升级完毕后使用金币来开云。在后期金币主要是用来帮助潜水艇在各个潜水点获取宝箱。玩家可以通过升级雷达，消耗金币打开云层来发现更多的岛屿，来开阔视野。出兵掠夺和攻打别人都是需要金币搜索的。基地中会有树木，石头这些资源都需要金币来进行清除。《海岛奇兵》中道具与兵种都是可以升级的，也需要金币。
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